داستان مربوط به نجات لینکلن باروز از زندان است. وی به اتهام قتل برادر معاون رئیسجمهور ترنس استیدمن به مرگ محکوم شده، در حالی که او واقعاً این کار را انجام ندادهاست. او در زندان ایالتی فاکس ریور، منتظر فرارسیدن روز اجرای حکمش است. برادر او مایکل اسکافیلد که یک نابغه و مهندس سازه است، نقشهای برای فرار لینکلن طراحی میکند. مایکل دست به یک جرم میزند تا به زندان فاکس ریور برود. در زندان او برای راه پیدا کردن به درمانگاه، ادعا میکند که دیابت نوع یک دارد و با دکتر سارا تانکردی آشنا میشود و ... .
